Το Ιερό Κάθισμα του Αγίου Ευσταθίου, εξάρτημα της Ιεράς Μονής Μεγίστης Λαύρας, ίδρυσε πριν το 973 μ.Χ. ο Όσιος Αθανάσιος ο Αθωνίτης, επιλέγοντας τη θέση Μυλοπόταμο, μια εντυπωσιακή τοποθεσία, κρημνώδη και άγρια προς τη θάλασσα αλλά ήρεμη και γαλήνια προς τη στεριά.

Η περιοχή, που εκτείνεται σε μικρή εξοχή στη βορειοανατολική πλευρά του Αγίου Όρους και σε κοντινή απόσταση από τη Μονή Ιβήρων, αποψιλώθηκε από το πυκνό δάσος και καθαρίσθηκε από τους διάσπαρτους βράχους. Στη συνέχεια οικοδομήθηκαν κελιά και ναός τιμώμενος στο όνομα του μεγαλομάρτυρα Ευσταθίου και φυτεύτηκε αμπελώνας.

Η γειτνίαση με τη θάλασσα και ο φόβος των πειρατικών επιδρομών, επέβαλλε την ύπαρξη επαρκούς οχύρωσης. Ο Μυλοπόταμος επείχε αρχικά θέση μετοχίου και εκεί καλλιεργήθηκε ο κυριότερος αμπελώνας που κάλυπτε τις ανάγκες του Μοναστηριού σε νάμα και οίνο.

Το 1527/28 ο Μυλοπόταμος λεηλατήθηκε μετά από επιδρομή πειρατών. Στα τέλη του 17ου αιώνα πρέπει να χρησιμοποιήθηκε από τους Λαυριώτες ως χώρος αποθήκευσης και πιθανόν εμπορίας οικοδομικής ξυλείας και είναι βέβαιο ότι βρισκόταν ακόμη σε ακμή στις τελευταίες δεκαετίες του 18ου αιώνα.

Στα νεότερα χρόνια ο Μυλοπόταμος συνδέθηκε με το όνομα του Οικουμενικού Πατριάρχου Ιωακείμ του Γ΄. Ο πρόμαχος αυτός της Ορθοδοξίας ανήλθε στον πατριαρχικό θρόνο τον Οκτώβριο του 1884. Μετά από διάφορους σταθμούς, επέλεξε «το ωραιότατον και ρομαντικότατον ενδιαίτημα» του Μυλοποτάμου ως καταφύγιο για να αποσυρθεί, επιδιδόμενος στην ανακαίνισή του. Λιτότητα και αίσθηση καλαισθησίας χαρακτηρίζει τις οικοδομικές επεμβάσεις του στα κτίσματα του Μυλοποτάμου. Στον χώρο αυτό, ο Ιεράρχης ιερουργούσε ανελλιπώς επί δώδεκα έτη μέχρι τις αρχές Ιουνίου 1901.

Το χρονικό διάστημα μεταξύ των ετών 1889 και 1901, υπήρξε η τελευταία περίοδος ακμής του Μυλοποτάμου. Έκτοτε το ιστορικό κάθισμα σταδιακά παρήκμασε και οι φθορές επήλθαν ραγδαία μέχρι το 1990, οπότε με την εγκατάσταση του εκεί ο Μοναχός και Γέροντας του Μετοχίου Επιφάνιος έως το 2020, συνέχισε ένα δυναμικό έργο ανακαινίζοντας, εκσυγχρονίζοντας, επεκτείνοντας εγκαταστάσεις και αμπέλια, παράγοντας κρασιά μοναδικής ποιότητας και γεύσης και τιμώντας τον Άγιο Ευστάθιο, στον οποίο είναι πάντα αφιερωμένο το Μετόχι του Μυλοποτάμου. Άφησε ανεξίτηλο το στίγμα του και στη μαγειρική με τις απαράμιλλες συνταγές του βασισμένες στην αγιορείτικη μεσογειακή διατροφή, την οποία διδάχθηκε στη Μονή του Αγίου Παύλου και τελειοποίησε με τη δημιουργικότητά του στον Μυλοπόταμο, διαδίδοντάς τες μέσα και έξω από το Άγιο Όρος.

Ιωάννης Χρυσάφης